Con un nacimiento que no se caracteriza por su espontaneidad, Puerto Madryn toma como fecha de fundación el 28 de julio de 1865, día en que 150 galeses arribaron a estas costas a bordo del buque Mimosa. El puerto natural fue inmediatamente denominado Madryn, en homenaje a Loves Jones Parry, Barón de Madryn en el país de Gales. Pero el nuevo asentamiento no se poblaría inmediatamente, su momento de crecimiento llegaría recién en 1886, momento en que las vías del Ferrocarril lograrían unir a Puerto Madryn con Trelew.

La ciudad basaría su desarrollo en las actividades ferroviarias, portuarias y de servicios hasta principio de 1960, cuando se levantan las primeras franquicias aduaneras, desaparecen las últimas empresas marítimas de canotaje y cierra el Ferrocarril Patagónico. Es en este período histórico que la población comienza a emigrar, hasta que en 1970, como resultado de la instalación de una fábrica de aluminio y la construcción del muelle mineralero, se produce el crecimiento explosivo de Puerto Madryn.

Más tarde la ciudad adquiriría el carácter turístico que hoy la describe íntegramente, y se acentuaría como cabecera en lo que a servicios regionales se refiere, destacándose entre sus prioridades el cuidado del medio ambiente.